Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik Universitas Atma Jaya Yogyakarta didirikan pada bulan Juli 1991 dengan surat Keputusan Mendikbud Republik Indonesia Nomor 082/0/1992 tentang status terdaftar bagi Jurusan Ilmu Komunikasi, disusul dengan Surat Keputusan Dirjen Dikti Depdikbud nomor 266/DIKTI/Kep/1994 tentang status terdaftar bagi Jurusan Sosiologi pada tahun 1994.

Seiring dengan perubahan pesat di bidang ilmu pengetahuan dan teknologi, fakultas ini pun berkembang dengan senantiasa melakukan pemburuan baik dari sisi tujuan pendidikan, kurikulum, sumber daya manusia, dan fasilitas kependidikan termasuk status kelembagaannya.