Menjadi Komunitas Atma Jaya Yogyakarta yang berjiwa unggul, Inklusif, humanis, dan berintegritas serta mampu memberi sumbangan pada kualitas kehidupan yang lebih baik melalui pelayanan dalam cahaya kebenaran.
Memberikan sumbangan pada peningkatan dan kemajuan ilmu pengetahuan, teknologi, dan ketrampilan profesional yang bermanfaat bagi martabat manusia melalui karya yang unggul dalam bidang pendidikan, penelitian dan pengabdian kepada masyarakat dengan semangat pelayanan dalam cahaya kebenaran.
Menjadi Fakultas yang memiliki nilai Integritas, Unggul, Inklusif, dan Humanis dalam pengembangan Ilmu Sosial dan Ilmu Politik dengan perspektif interdisipliner melalui Tridharma Perguruan Tinggi, serta berkontribusi dalam mewujudkan masyarakat secara berkelanjutan yang diakui di level (The Association of Southeast and East Asian Catholic Colleges and Universities) ASEACCU pada tahun 2028.
Sivitas akademika FISIP UAJY mengembangkan Ilmu Sosial dan Ilmu Politik yang berkontribusi pada capaian Sustainable Developemnt Goals (SDGs) yang mengakar pada jati diri Keatmajayaan (Integritas, Unggul, Inklusif, dan Humanis).
Sebagai sebuah Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik, FISIP UAJY memiliki tujuan pendidikan: